JaKuS ist in Kreuzberg von Beginn an mit Angeboten des betreuten Jugendwohnens tätig. Neben der Jugendwohngemeinschaft im Bergmannkiez etablierte sich als nächstes die intensive Einzelbetreuung für Jugendliche des Projekts FlexNetz im Bezirk.

Seit Ende 2007 bietet JaKuS mit dem Projekt "Stützpunkt"  Soziale Gruppenarbeit mit Grundschülern und deren Familien an. Die Standorte hierfür sind die Wilmsstr. 10 und die Ohlauerstr. 41.  Neben aktiver Elternarbeit ist hier die bedarfsweise enge Kooperation mit den Schulen und dem Jugendamt von Bedeutung.

Das Team "Doppelpunkt" mit den Schwerpunkten Aufsuchende Familientherapie und Krisencoaching für Familien wechselte im Jahr 2009 in die Trägerschaft von JaKuS gGmbH. Die Arbeitsräume des Teams befinden sich in der Körthestr. 12.

Ebenfalls seit 2010 sind die Erziehungsstellen des Trägers strukturell dem Bereich Friedrichshain - Kreuzberg zugeordnet

Im Zuge der sozialräumlichen Umgestaltung der Jugendhilfe entwickelten sich intensive Arbeitsbeziehungen zu ambulanten und stationären Trägern und zum Jugendamt. Ein besonderes Beispiel für diese Kooperation ist das Zustandekommen des Trägervertrages für das Familienprojekt Triangel.

Neuestes Kooperationsprojekt in Kreuzberg ist die Durchführung von Familienräten, auch bekannt als Family Group Conference.